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La seconde partie commence deux ans et demi après ; Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippuden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke pour tuer son frère et le combat de l'Akatsuki contre les force de Konoha.